Las áreas protegidas son las piedras angulares de la conservación de la diversidad biológica. En ellas se mantienen hábitats clave, proveen refugio, permiten que las especies migren y se desplacen y garantizan el mantenimiento los procesos naturales a lo largo de los paisajes. No solo aseguran la conservación de la diversidad biológica, sino también el bienestar de la humanidad. FARN contribuye a la creación de nuevas áreas protegidas (terrestres y marinas) y a fortalecer la correcta implementación de las existentes. Trabaja en ese sentido en red con otras organizaciones para apoyar la conservación de áreas de alto valor para la conservación de la diversidad biológica (mediante campañas, incidencia legislativa), como así también, reclamando a las autoridades competentes e incidiendo en el orden judicial en defensa de aquéllas amenazadas por variadas razones.

Así, FARN ha contribuido a la generación y/o salvaguarda de numerosas áreas protegidas municipales, provinciales y nacionales en Argentina como el PN El Impenetrable, PN Patagonia, RN Pizarro, Reserva Natural Laguna de Rocha, Reserva Natural Santa Catalina, Reserva Ecológica Costanera Sur, Reserva Ecológica Costanera Norte, entre otras. Asimismo, y en el marco de un país donde gran parte de las tierras se encuentran en manos privadas, promociona regímenes de reservas naturales privadas.